任何目标都能在六秒内解决，有如传说般存在的天才杀手「寓言」（冈田准一 饰），是个让黑社会闻风丧胆的狠角色。因应「老板」（佐藤浩市 饰）命令，他与搭档（木村文乃 饰）乔装兄妹档，并化名「佐藤明」过着普通人生活，更不得在大坂居住的这一年内杀害任何人…。某天，他偶然遇见神祕的轮椅少女（平手友梨奈 饰），以及看似关爱孩子未来的非营利组织创办人宇津帆（堤真一 饰）。种种不寻常的一切，让寓言回想起四年前的暗杀...

片名中的“东京战争”指的是，1969年秋，学生们为了阻止首相访美而进行的激烈斗争。影片的主人公少年元木，认为自己的一个友人在斗争中因绝望而自杀。但朋友们并不这样认为。元木和女友把认为是自杀友人生前拍摄的影片放映在银幕上，但他们发现只不过是一些常见的东京风景而已。元木在东京街头到处寻找友人拍摄过的地方，自己也想要拍摄，他总觉得如果找不到友人的死因，自己也无法安宁。女友认为此事极端无聊，并多次干扰拍摄...